L'Assemblée des citoyens n'a rien de spontané ou d'improvisé. Le calendrier, l'ordre du jour, les débats et les votes font l'objet d'une préparation et d'une surveillance rigoureuse.

L'essentiel du travail de préparation est effectué par le Conseil des 500 ou plus exactement par la tribu qui exerce à ce moment-là la prytanie, soit un dixième de ses membres. Ces cinquantes bouleutes fonctionnent comme un bureau. Ils rédigent des προβουλεύματα (probouleumata, propositions de décrets), chaque probouleuma étant soumis ensuite à la discussion et au vote de l'Assemblée. C'est la base des débats, la discussion donnant ensuite lieu le plus souvent à des amendements avant de faire l'objet d'un vote.

Les débats sont menés par l'épistate qui doit veiller au bon déroulement de la séance, à l'égalité de parole et à la régularité du vote. Il est secondé dans sa tâche par les prytanes en activité.

La discussion des probouleumata compose l'essentiel de l'ordre du jour, mais chaque citoyen peut, iségorie oblige, formuler sa propre proposition. Les initiatives personnelles sont autorisées et même encouragées, iségorie oblige, mais doivent au préalable passer par le filtre du Conseil qui rédigera un nouveau probouleuma avant de le soumettre au vote lors d'une session ultérieure, s'il lui apparaît que la proposition n'est pas contraire à l'esprit des lois.

Au fil du temps, l'Assemblée prend de plus en plus d'importance et ses pouvoirs s'accroissent. Au IV° siècle, la présidence de l'Assemblée n'est plus assurée par les prytanes en exercice mais par un groupe de 9 proèdres qui ont davantage un rôle d'huissier. Le bureau perdant de son importance, les débats se font plus houleux. C'est sans doute pour cette raison que la protection de l'orateur doit être assurée physiquement. On constate aussi que les décrets émanant d'initiatives individuelles se font plus nombreux, ce qui semble indiquer que la vigilance du Conseil s'amoindrit ou que l'Assemblée passe outre ses recommadations.